北斗伝説、再び!!魔都上海の騒乱より数年後の193X年。第2次世界大戦を目前に控えた世界情勢は混沌の一歩を辿っていた。伝授の儀を終えた第62代北斗神拳伝承者・霞拳志郎もまた、止められぬ歴史の渦に巻き込まれていく。北斗の宿命に導かれるが如く、獄都・蘭印（インドネシア）へと降り立つ拳志郎・エリカ・ヤサカ。人類の宝「希望の目録」を巡り新たな勢力との死闘が繰り広げられる。「北斗」と「希望の目録」をつなぐ新・北斗サーガ開幕!!

第62代北斗神拳伝承者・霞拳志郎vs蘭印を支配するオランダ軍大佐ファン・デル・コールとの一戦!! 怪しく光るコールの拳法を前に拳志郎がまさかの大苦戦！ 相手の傷を腐食させ、自己の傷を再生する恐るべき拳法の正体とは!? そして、エリカの一族とその目的とは一体!? 第二次世界大戦間近の戦乱の世を北斗神拳が舞う時、新たなる愛と哀しみの歴史が紡がれる!!

西斗月拳ヤサカが遂に覚醒！拳志郎、ヤサカのタッグがジェネシスから送りこまれし天斗三人衆を迎え撃つ！一方、ジェネシスが直轄する奴隷農場では凄惨な悲劇が蘭印人を襲う！地獄すら生ぬるい情景を前にエリカの秘された力が目覚める！そして、懐かしき上海の亡霊たちも参戦!? 北斗と天なる一族の宿命が蘭印の地で交わる!!

激化する天斗巨神兵との闘い!!拳志郎をも圧倒的するパワーと底知れない憎悪。果たして、天斗の一族には何があったのか!?凄絶な歴史が今、明かされる!!一方、死霊の軍団から逃げるエリカたち。拳志郎からエリカを託されたハルトは決死の覚悟で仲間を守り抜く。しかし、予想だもしない裏切りがエリカたちを襲う!!