平凡なサラリーマン水木は、荒れ果てた古寺に住みついた、不気味なお化けの夫婦と知り合う。おもい病気に罹った夫婦はやがて亡くなるが、死んだはずの母親を埋めた墓穴から、赤ん坊が生まれるのだった・・・・・・。滅亡の危機にある「妖怪族（幽霊族）」唯一の末裔。鬼太郎のあてのない旅がここから始まる！！

本州から遠く離れた鬼界ヶ島を、西洋の妖怪が占領したという……。鬼界ヶ島の人々を助け、日本の危機を救うため、選抜された四人の妖怪と、勝手に付いてきたねずみ男と共に、鬼太郎は一大決戦に挑む！！

三億年もの間生き続けているという怪物、「大海獣」の調査隊に加わった鬼太郎は、同じ調査隊に参加していた科学の天才、山田少年の罠によって、大海獣の血液を注射され、怪物の姿に変身してしまった！　助けを求め、日本に上陸した鬼太郎だが、目玉のお父さんでさえ、その正体には気が付かない。絶望の中、怪物となった鬼太郎が向かう先は……？

国防大臣に吸血鬼退治を依頼された鬼太郎。一方、ねずみ男はギターを持った怪しい男の秘書に雇われる。この男こそ、ギターの音色で敵を惑わせる、「音楽催眠術」を操る吸血鬼エリートだった！　その魔力によって捕われてしまった鬼太郎は、肉体を溶かされ骨だけの姿になってしまう……。

「蛟龍」さらには「妖怪なまず」と強敵が次々に鬼太郎へ襲いかかる！　果たして「妖怪獣」の結末は……？　さらに、一見普通のおじいさんにしか見えない、いたずら好き妖怪「ぬらりひょん」など稀代の妖怪たちが登場！！

もしも人間が妖怪の歌を勝手に歌ったら……？　貧乏な音楽家の身にふりかかる奇妙な事件！　「さら小僧」や「まくら返し」など第１期アニメ放映と同時期に連載され空前の妖怪ブームを巻き起こした、懐かしの名エピソードを多数収録！！

ついに日本を飛び出した鬼太郎！　奇妙な魔法で人間の若さを奪う謎に包まれた妖怪の正体とは！？　韓国を舞台にした「朝鮮魔法」や南の国から来た妖怪解放軍と戦う「妖怪軍団」など国際色豊かな世界妖怪が次々に鬼太郎を襲う！！

全国の子供たちから妖怪ポストに届くSOS！ 忌まわしい風習に囚われた漁村を救うため、鬼太郎が奮闘する「人食い島」や、驚くべき方法で相手の顔を盗む「のっぺらぼう」、赤ん坊をさらう恐ろしい怪鳥「姑獲鳥」など、妖怪退治に鬼太郎は今日も大忙し！！

鬼太郎を深山へと誘う、不思議なガマが一匹……。それは妖怪・邪魅の恐るべき策略だった！　敵の罠に落ち、正気を失った鬼太郎を救おうと目玉おやじは森に住む賢者・ガマ仙人を訪ねるが！？　「妖怪関ヶ原」や各国の吸血妖怪と闘う「血戦小笠原」など、強敵とのバトルはさらにヒートアップ！

妖怪大統領との戦いの末、海底に沈められた鬼太郎。騒動の黒幕、葬頭河婆はこの機に地上進出を目論む！　また「朧車」では作者の水木しげるが登場！　妖怪が跋扈するおばけの国へと変わり果てた街に取り残された水木一家の運命はいかに！？