“ＥＭＢＲＹＯ”＝胎児、胚などの意。――ある日、学校の裏の森で得体の知れない虫(ワーム)に首筋を刺されてしまったエリ子。その日の放課後、エリ子は図書室で怪しい噂のある司書の安房(あわ)に突然襲われるが、どこからともなく現れた無数の虫(ワーム)たちに安房が噛み殺されてしまい……!!

次々に起こる事件をきっかけに登校拒否になってしまったエリ子は、自分の体の中で育っていく胚に愛情を感じはじめていた。一方、学校に戻ってきた生物部顧問の久留里(くるり)と羊歯野(しだの)たち生物部一同は、エリ子の脊椎に産み付けられた胚の正体を探るべく動きはじめる。しかし、人知れず虫(ワーム)に寄生された教師・葛西(かさい)によって新たな産み付けが行われて……!!

虫(ワーム)の女王の目的は“学校を牧場にする”ことだった……!!　エリ子に宿った胚の羽化が近づく中、ついに虫(ワーム)による“家畜狩り”が始まり、学校中の人間が次々と餌食になってゆく!!　――人間によって汚染された沼で生まれた生物の、途方も無い進化のカタチの結末は……!?