わずか1か月で突如ゾンビに埋め尽くされた日本。感染から逃れる為、架場翳人（はさばえいと）は母と妹と共にバリケードで守られた“セクター”と呼ばれる安全区域を目指す。だが到着してすぐのトラブルによって翳人は重傷を負い、セクターを追い出されてしまう。朦朧とする中、近づくゾンビの群れに死期を悟る翳人。しかし、次に彼が目覚めたのは……!?　ゾンビダークヒーロー物語、開幕！

終わらぬゾンビの脅威と人間の闇!?　妹の光莉を無事に助け出した翳人は、ゾンビ災害を終わらせるために、レイのボディガードとしてゾンビ災害の中心地である“東京”へと向かう。その道中、ゾンビに襲われているセクターを見つけた翳人達は救助に駆けつけるが、何故かゾンビテロの犯人にされてしまい…!?　さらに、セクターの住人に紛れ、あの男が翳人達に忍び寄る……!?

暗躍する組織“彩（ヴァリエット）”の一員であるYELLOWの自爆に巻き込まれて重傷を負った翳人だったが、なんとか一命を取り留める。その後、組織に捕われたレイを捜す翳人達は、レイが去り際に残したメモを頼りに新たなセクターに向かうが、そこはならず者達によって支配された元刑務所で……？　そして、ゾンビテロの黒幕も本格的に動き出す！　正義を貫き、世界を取り戻す物語、終幕！