闇の眷属を屠る事を生業とする「悪魔狩り」でありながら、聖天使の一人である青年・ミカエルの戦いを描く、「寂滅の聖頌歌篇」へと繋がる悪魔狩りサーガ前章。貴族の屋敷へ盗みに入ったハーフエルフの少年・ルッカは、そこで盗んだ品を憲兵隊に見つかり捕まってしまう。そして、カイニス伯爵により生け贄にされそうになったルッカは、冠翼の紋章を持つ悪魔狩り・ミカエルに助けられるが……!?

聖天使・ガブリエルの謎の言葉に豹変して襲いかかったミカエルは、彼に一撃で倒されてしまう。重傷を負ったミカエルを助けようとするマギーは、ガブリエルが召還した怪物に襲われるが、聖天使の一人である少女・ウリエルによって助けられる。そして、ミカエルと共に退魔師・ラハブの元に行ったマギーは、地下室に連れて行かれて４人の聖天使にまつわる話を聞いて……!?

罪のない村人を犠牲にしたミカエルの行動にショックを受けるマギーは、突如現れたガブリエルに攫われてしまう。それを罠だと考えて、マギーを助けに行こうとしないミカエルの前に、虐殺の道化師・アキレーが現れる。一方、ミカエルと５年前に何があったのかをガブリエルへ尋ねたマギーは、逆にガブリエルから、君はなんのために生きているのかと質問されて……!?

満月が欠けなくなって一ヶ月、さまざまな異常現象が人々に襲いかかってくる。ブルードコーストの闇祓い・ガルムの元へ送られたミカエルは、ガルムからすべてを学び、「闇」を識り、「闇」を恐れ、「闇」と対峙する事が唯一の武器だと教えられる。一方、ミカエルから離れたマギーは、ミカエルに対する複雑な想いに揺れ動いて……!?

竜騎兵団団長・エリゴスの息子として育てられ、自分が聖天使の一人である事を知らない竜騎兵・ラファエル。エリゴスと共にベリト公暗殺の特別任務を遂行するラファエルは、悪魔と化したべリト公との一騎討ちで劣勢となり、突然現れたミカエルと共闘して撃破する。その時、ガブリエルと似た何かをミカエルに感じ取ったラファエルは……!?

大悪魔・エイラの復活を追うミカエルは、ネクロマンサー・ブエルを倒して、運び屋・クロウリーから、港町ブレストハーバーの地下歓楽街にいるマラクス医師が関係していると聞き出す。大商人・デカラビアからマラクス医師の居場所を聞いたミカエルがそこへ向かうと、マフディーの忠実なる僕と名乗るバルログが襲いかかってきて……!?　そして物語は、「寂滅の聖頌歌篇」へと続いていく……。