「冠翼の聖天使篇」から繋がる悪魔狩りサーガ完結章。魔力のバランスを崩して死に絶えた黄金の民達の死体の傍らに微笑む少年を目撃する魔術師・ケセフ、子供を守ろうとする父親と対峙する氷の騎士・エリゴス、修道長・ラハブが率いる竜騎兵に囲まれて命乞いする小さな姉が抱えた赤ん坊、母親の死体の前で涙を流す少年を弟子にした12代目悪魔狩り・サルトル。幼い４人の聖天使の運命は、思わぬ方向へ動いていき……!?

知識の都・ナベリウスへ妹・ルリアとともにやってきた竜騎兵・ラファエルは、ミカエルとナベリウスの関わりを調べる任務を受けていた。その頃、門を完全封鎖されて足止めされるミカエルは、突然現れたラファエルの一太刀を受け止めて、彼の成長ぶりを評価する。その後、ミカエル達とラファエル兄妹は同じ宿屋に泊まるが、ウリエルは聖天使３人がナベリウスに揃った事が気にかかり……!?

バルログと戦ったラファエルは、本当の父親の事を知らされて動揺し、ガブリエルの言葉に慌ててルリアの元に駆けつける。そこにはルリアだけでなく、教会を離反した父・エリゴスと母・ヘレナもいた。エリゴスはラファエルへ真実を告白するが、ラファエルは彼らを本当の家族として考えて絆を深めていく。しかしその直後、教会の軍隊によってエリゴスとヘレナは殺害され、ルリアまでも眼前で惨殺されたラファエルは……!?

大司教・コカベルの暴走によって姉・アニエルを失い、聖天使として覚醒した幼いウリエル。そんな哀しい過去を背負うウリエルは、ミカエルがルシファーの遺書を受け取る時に部屋から出されたマギーと外出して、マギーが抱える苦悩を感じ取る。そこへ突然現れた雷神・オリヴィエを一撃で消滅させたウリエルだったが、その強さから人々に恐れられてしまう。そして、マギーに姉への想いを語るウリエルは、マギーと義姉妹になって……!?

ガブリエルにルシファーを奪われて、月が大地に近づく異常現象が生じる。恐ろしいほどの強さを身につけたラファエルにあっけなく倒されたミカエルは、師匠・サルトルに助けられて養生する。一方、ウリエルを失って落ち込むラハブは、サルトルに諭されて法王の元へ行き、意外な申し出をする。そしてマギーとルッカは、サルトルからミカエルが戦いの旅に出るまでの話を聞いて……!?

ラファエルに屈した十宝主・ネツァーは、ガブリエルの命令を聞いてイェソドを倒しに行く。最後の決戦へ向かうミカエルは、マギーに必ず生き残ると約束する。その後、突然現れたガブリエルに連れ去られたマギーは、ケセフが復元したヴァーチューズの脅威を聞かされ、君が命を差し出せば世界は救われるとガブリエルから言われる。そして、必殺の魔剣を持ったミカエルは、ラファエルと対決を……!?

寂滅の聖頌歌とともに最強の聖天使として目覚めたミカエルは、ラファエルとの最後の一騎討ちへ挑んでいく。一方、イェソドとネツァー、マルコキアスとハルファス・マルファス兄弟、サルトルとバルログにケセフ、因縁の過去を持つ者達の死闘は、さらに激しくなっていき……!?　「冠翼の聖天使篇」そして「寂滅の聖頌歌篇」と続いた壮大なる叙事詩がついに完結。