人間界に追放された北欧の邪神・ロキが、神界へ戻るために少年探偵となって、人間に取り憑いた魔を落としていく活躍を描いた推理ファンタジー。頭部のない少女の遺体が発見され、それは“二刀流の死神”の仕業だという噂が流れる。ミステリーマニア女子高生・大堂寺繭良（だいどうじ・まゆら）は、燕雀探偵社にいたメガネ青年・闇野（やみの）に依頼人だと誤解されて、そこの主人である少年探偵・ロキと出会い……!?

少年探偵・ロキの押しかけ助手となった大堂寺繭良（だいどうじ・まゆら）は、燕雀探偵社の宣伝チラシを壁に貼りまくる。それを見た垣ノ内綾菜（かきのうち・あやな）は、密室の書斎で事故死した大学教授の父親が持っていた「ニーベルンゲンの指輪」を見つけてほしいと依頼してくる。その指輪には持ち主が非業の死を遂げるという言い伝えがあって……!?

車に轢かれそうになった少女・大島レイヤ（おおしま・れいや）を助けたロキは、彼女が北欧の女神・フレイヤだと知る。神としての記憶はないが予知夢の能力を持っているレイヤは、「忘却の錬金術師」の異名をとる父親の死を予見し、それに絡んで死人が増えていく夢を見る。そこで、レイヤはロキに、他界している姉・リサの世話をする者に遺産を残すと記した父親の遺言状の謎を解くように依頼する。しかし、遺産を狙う親戚達が次々と殺されて……!?

大堂寺繭良（だいどうじ・まゆら）は、水族館でバイトする鳴神（なるがみ）からチケットを買ってロキを連れて行く。ガイドの華（はな）に案内されて魚の鑑賞をする繭良を残して、実は北欧の神・トールである鳴神にその目的を問い詰めるロキだったが、水槽で職員・井上の溺死体が発見される。そして、トリックを見破って犯人を言い当てたロキは、その後、ロキを憎む神・ヘイムダルと対峙して……!?

道場で剣道を教えることになった鳴神（なるがみ）は、そこの娘である弥生（やよい）に片思いする。経営コンサルタントと間違えて燕雀探偵社へ来た弥生は、ロキと闇野（やみの）を道場へ連れてくる。そんな時、裏の空き地の崖で古代遺跡発掘をする大堂寺繭良（だいどうじ・まゆら）と会ったロキ達は、崖に記された多数の×印が気になって……!?　そして、ロキがいきなり神の姿に戻り、フレイヤが事件に巻き込まれて……!?

北欧の神・フレイである怪盗フレイは、ティッシュ配りで犯行予告状をばらまこうとして大堂寺繭良（だいどうじ・まゆら）に一目惚れする。その後、会場は９階なのに、犯行予告状では八階と書いているのに目をつけたロキは、その狙いを見破ってブルーサファイヤのスポットでフレイと対峙する。しかしフレイは、子供には興味がないと振り払って、ロキを窓の外に落としてしまう。その時、ロキの身に変化が……!?

ヴェルダンディーに挑発されたロキは、鳴神（なるがみ）がバイトする不人気な喫茶店「メルトダウン」を繁盛店にすることに。メイド姿の大堂寺繭良（だいどうじ・まゆら）やレイヤ、闇野（やみの）の手作りクッキー、光太郎（こうたろう）のホストぶり、客のツボをついた戦略で「メルトダウン」の前には行列ができる。しかし、店長が大事にしているコーヒーカップが災いを呼んで……!?　そして、フレイとヘイムダルに誘拐されたロキの運命は……!?　魔探偵ロキ、ついに完結。