天才少年ヒロの夢は、発明家の兄・タダシと同じ舞台に立つこと。だが、ある日事件に巻き込まれ、ヒロをかばってタダシが消えてしまう。兄を失って絶望するヒロの元に残されたのは、タダシがヒロのために開発した1体のケア・ロボット、ベイマックスだけだった――!!

ベイマックスと共に、憧れの兄・タダシを失った事件の謎を追うヒロ。4人の頼もしき「友達」を得て、事件のカギを握る怪人との対決に向かう!!　復讐に駆られたヒロが怪人を追い詰めたそのとき、ベイマックスに不具合が!?　はたしてベイマックスはヒロを守りきれるの!!?　心優しきケア・ロボットと少年の物語、素晴らしき奇跡の最終章！