男子高校生・志隈と幼なじみの睦月が乗っていた地下鉄が突然、謎のバケモノに襲われた。パニックに陥り、次々と喰われていく乗客たち。果たして、人々は無事、地上に脱出することができるのか!? 世界最大の輸送網が殺戮の場と化す、東京地下鉄サバイバル！！

いつもの駅。いつもの地下鉄。そこは脱出不能の地獄と化した。男子高校生・志隅と幼なじみの睦月が乗っていた地下鉄が急停車し、謎の獣が現れ、乗客を襲い始める。仲間たちの許を離れ、地上への出口を求めて探索を続ける志隅。一方、睦月たちも、はぐれてしまった志隅を捜して暗黒の迷宮を進む。次々と犠牲になる人々。バケモノは１匹じゃない。間近に迫る獣を前に、志隅はヤツらの弱点を発見する！

いつもの駅。いつもの地下鉄に人喰い獣が現れた！ トンネルの水没により、身動きの取れぬ乗客たち。そこに救助隊のボートが到着。 だが、突如水中から新たな獣が出現。救助隊を食い散らかし、乗客たちに襲いかかる！ 別行動をとる高校生・志隅は脱出口を見つけ、仲間を救えるか！？ 東京地下鉄サバイバル、絶望の第３巻！！

ついに仲間たちと合流した志隈。 しかし、彼らの前に機械仕掛けの獣が出現。叫び声とともに放たれる正体不明の攻撃に仲間は重傷を負う。さらに脱出へのハシゴは何者かにより破壊され、志隈たちは何が待ち構えているかわからないトンネルの奥へと向かうことに。そこには、檻に囚われた大量の乗客たちの姿があった…。 新たな人間殺戮動物が続々登場の第4巻！

志隈と雄大は檻に囚われた人々の解放を決める。しかし、彼らは獣をも襲う暴徒と化し、志隈たちを苦しめた電気獣を解き放ってしまう。そして、また一人の仲間が……。一方、睦月と女性記者の前には現れたのは謎のメガネ男。この男との遭遇が、睦月のかすかに保たれていた心の均衡にヒビを入れはじめる。地下の闇に人間の心が歪み出す東京地下鉄サバイバル第５巻！

辿り着いた縦坑で志隈や社長、雄大は新たな獣の脅威にさらされていた！　社長は奇策で獣を退けるが、大きな傷を負ってしまう。社長を救うためにも出口を目指し縦坑を昇る志隈と雄大。だが、最強最大の獣が襲い来る。最強の獣に続いて現れたのは人間不信に陥った睦月。さらに上方から火の手も放たれた。危機極まる状況から志隈たちは生還することができるのか？