機械いじりが得意な高校生・タヅナは、修理依頼を受けて大学の研究室を訪れる。そこで出会ったのは、ベッドで眠る 一人の少女・コヨリだった。 何かに導かれるようにコヨリの指先に触れたタヅナ。するとどこからか声が降り注ぎ、目の前に異質な世界"ジグラート"が現れる。それは"ハンドシェイカー"として目覚めた2人の、「願い」をかけた戦いの始まりだった――。

ハンドシェイカー――手をつなぐことで生まれる”ニムロデ”をもって、自身の願いを叶えるため、”神”に挑む者達。戦いの中で絆を深めるタヅナとコヨリの前に現れたのは、コヨリとマキハラの過去を知る男・ナガオカだった。15年前、彼らに何が起きたのか。ナガオカはなぜ二人の前に立ちはだかるのか。そして、それぞれの「願い」の果てにあるものとは――。