時は関ヶ原の戦いの直前。英田郡の若者たちは最後の侍になるチャンスを狙っていた。その２００人の大将を誰にするか？出世に駆られた乱暴者・宮本村の弁蔵は、皆の前で侍を倒してみせる。しかし仲間たちの反応は・・。やがて天下分け目の戦いが始まった！青春の苦悩と成長を描いた本宮版・宮本武蔵！

関ヶ原の戦。西軍に参戦した弁蔵は、夢破れ落ち武者としてボロボロになり故郷に辿りついた。そこで見たのは愛する「お妙」の結婚式だった。全てを失い怒りに暴走する弁蔵。花婿を叩き殺し、捕らえられてしまう。そんな弁蔵に「金地院崇伝」は剣の道を示す。弁蔵は武蔵として生まれ変わる！本宮版「宮本武蔵」第二弾。

村人を救う為に山賊退治に一人向かう武蔵。強敵・山賊の頭目と戦う中、二刀流に開眼する。次々と相手を倒し名をあげてゆく武蔵。次の相手は京都の吉岡憲法だ。京の人々の為に尽くす吉岡を見て、その人望と技に圧倒される。しかし二人は対決をする事となってしまう。更に行く手には最強のライバル・佐々木小次郎が待っている。本宮版・宮本武蔵最終巻！