2002年8月10日、Ｍ8．8の京浜大地震が発生。都内の通信網、道路交通網などはすべて麻痺し、東京は壊滅的状態に陥った。大災害の対処に追われる民自党幹事長・柳拓磨は、箱根に滞在中の息子夫婦と孫・舷一郎の安否を確認するよう、秘書の地道行男に依頼。だが、そのころ箱根では富士山噴火の情報が流れ…!?

2017年4月、台湾・台北市。柳家の秘書・地道は、消息を絶った舷一郎を捜し、避難民キャンプを訪れる。震災から15年、生活の苦しさや不安から芽生えた民族意識が、日本人と台湾人の間に対立構造を生みつつあった。ある時、六海幇の荒くれ者・張は、憎むべき日本人が夜市で騒ぎを起こしていると聞き、現場へ向かう。

日本人の過激派グループによるテロ計画が発覚し、避難民キャンプに暗雲が漂う。だが、舷一郎の「震災から生き残った人間のために、悲劇を止めたい」との訴えが日本人避難民の心を動かし、代表の尾津を中心にして、淡水キャンプ８万人に暴動阻止の決起が呼びかけられる。そんな時、キャンプ滞在中の地道が舷一郎に声をかけ…!?

日本人過激派グループの占拠する台北中央電視台へ潜り込んだ舷一郎。だが時すでに遅く、先に説得に乗り込んだ尾津は、リーダー・黒藤の銃弾に倒れていた。舷一郎を捕縛した黒藤は、放送を通じて日本人避難民の現状を訴え、さらには台湾政界反日派との裏交渉を暴露する。これを聞いた台湾総統は、黒藤たちを生きて捕らえるよう命じるが…!?

2017年、特別行政区・旧東京。今は水没したこの街で、15年前に恋人からもらうはずだったプレゼントを探す男がいた。その名は宗方操。2002年8月、高校生だった操は、倒産寸前の父親の工場を支えるためアルバイトに明け暮れていた。だが、サラ金の取り立ては厳しさを増し、操は学校も恋人の夏木恵理も捨てて逃げる決意をする。

2003年、福岡市博多区。宗方操と恵理が住むアパートに、内閣総理大臣政務担当秘書官である恵理の兄・惇史がやって来た。その目的は、まだ高校生であるにも関わらず、操とふたりでボロアパートに暮らす恵理を親元へ返すこと。そして、人材復興を支援する「ロックウェル・プラン」に操を参加させることにあり…!?

新興宗教「既望の会」と、北日本側との繋がりが判明。教団のアジトへ突入が始まろうとした矢先、建物の屋上に教祖・十六夜と思われる女性が姿を現す。その様子をモニターで見た操は、十六夜が、かつての恋人・恵理であることを確信。自らアジトへ赴き、脱出しようとしていた教団理事の星川と十六夜に相対する。

「既望の会」を脱会した恵理を守ることを決意し、一路北へと向かう舷一郎たち。途中立ち寄った吉祥寺の宿で、警察局公安部に追われる「海峡同盟」と名乗る２人組と出会う。恵理奪回を目論む既望の会信者と公安部、二重の包囲を受けた舷一郎たちは、「海峡同盟」と協力して宿からの脱出を試みる。

震災から４年後の2006年。若き雲井竜児は、北日本のキャンプで父を手伝い、懸命に医療活動を行なっていた。だが、復興が進む南日本に対し、極端な物資不足が続く北日本では充分な治療もできず、度重なる支援要請も政府の耳に届かない。そこには、北日本政府を牛耳る「北日本統治グループ」の存在があって…!?

舷一郎は、生き別れの祖父であり、民自党の元幹事長でもある柳拓磨に会うべく札幌へやって来た。だがそこで突然拉致され、北日本復興委員会委員長・董堂卓也の待つホテルの一室に連行されてしまう。拓磨の持つ中国政府とのパイプを手中に収めんとする薫堂は、舷一郎を人質に拓磨を脅迫しようと目論んでいて…!?