時は明治・文明開化の時代。華やかな近代化の影で、『悪霊』が世に蔓延していた。中でも、人々の魂を食らう“喰人”は除霊師でも祓うことが叶わず、人々の生活を大きく脅かしていた。そんな時代の中、除霊師・喪々木は虎之助という名の少年と出会う。彼は“人間の心と肉体を持つ喰人”という特殊な存在だった。喪々木は虎之助にある取引を持ち掛け、二人は喰人を倒す旅に出る――

町で大量発生した喰人を退けた虎之助達だったが、覚醒したハインケルの術に苦戦を強いられ、さらには最恐の上位喰人・契が戦場に降り立つ。激闘の中、喪々木は虎之助を救うため虎之助の父から受け継いだ禁術を発動させるが……!?　喰人と除霊師、出逢うはずのなかった二人の旅は、思いもよらない結末を迎える――。