夏休み、過疎地の村へ“自然学校”にやってきた少年少女15人。1週間が経ったある日、海辺の洞窟へ探検に入った一同は、その奥にコンピューターを持ち込んで住んでいた謎の男・ココペリと出会う。彼は自分が作ったゲームをやらないかと誘い、宇白可奈を除く14人の中学1年生が同意して契約を結ぶ。半信半疑で宿舎に戻った一同だったが、その日の夕刻、大きな物音と共に巨大ロボットが現れて…。

敵ロボットとの初戦。1人目の操縦者・和久は辛くも勝利したものの、戦闘終了直後にロボット上から転落死した。そして迎えた2回目の戦い。新たな操縦者・小高は、自分の父親を戦闘の巻き添えで死なせてしまった。一代で財産を築き“選ばれた人間”であるはずの父が、呆気なく死んだことに動揺を隠せない小高だが、それでも敵の猛攻は容赦なく続く。

4人目の操縦者・半井摩子が死んだ。友人を救い、全員に形見としてお手製のユニフォームを手渡して…。そんなある日、次の操縦者に選ばれた加古功が本田千鶴の家を訪れたところ、突然国防省の役人が現れ、2人は横田基地に連れて行かれることに。他のメンバーも全員集められていたその場所で、彼らはこれまで秘密にしていたジアースとの関係が、国家にバレたことを知る。

“ジアース”を操り、かつて自分を陵辱した男たちに復讐を始めたチズ。だがそんな彼女が目にしたのは、自分をだまし裏切った男の車に乗る、尊敬する姉の姿だった！　男をかばい楯になった姉の姿を見たチズは、“ジアース”からふたりの前へと姿を現し…。

絶体絶命の危機にモジが思いついたのは、自分たちのいるコクピットを“ジアース”本体から切り離すという、リスクの高い危険な一手だった。モジはこの決断で、敵の頭上を狙う唯一のチャンスを手にするが……起死回生を賭けた攻撃の行方は果たして？

次なるパイロットに選ばれたキリエは、チズが死亡した戦闘の4日後、彼女が復讐を望んでいた男・畑飼を呼び出していた。かつて自分に相談を持ちかけたチズの無念を想い、彼女を弄んだ畑飼の真意を探ろうとするキリエだったが、畑飼はいっこうに悪びれる様子もなく、得々と持論を語り始めた挙げ句「俺と友達になろう」と言ってきて…？

戦闘中に突然姿を消し、ぼくらの地球に紛れ込んでしまった敵パイロット。国防省はあえてコモがジアースの操縦者だと公表し、彼女のピアノ発表会をワナに、敵を誘い出す策戦に出る。勝てた戦いを放棄した敵パイロットは、いったい何を求めて降り立ったのか？　その答えはコモのピアノが握っている…!?

敵の攻撃を受け危機一髪のアンコ（往住愛子）を目の前にしても、冷静に自らの職務であるTV中継を続ける彼女の父親。その態度にマチやカンジは怒りを顕わにするが、一方で迫真の中継によって、日本中からアンコへの声援が聞こえ始めた。皮肉にも、憧れだったアイドルのように日本中から注目される存在となったアンコだが…!?

妹のカナが黙ってパイロットになる契約をしていたことに怒り、いつものようにカナに暴力を振るおうとするウシロ。だが、自分と血の繋がりがないことを知りながら、すべてを受け止めてきたカナを想い、思いとどまる。一方ジアースの中では、カナを契約させたことについて、マチが声を荒げてコエムシに詰め寄っていたが…!?

ぼくらの地球を守るために、残された戦いは２回。妹の、そして母の戦いを目の当たりにし、ウシロは迷うことなくパイロット契約を結んだ。また、違う地球の人間であるため、かつて契約者として認められなかったマチも再度儀式を敢行して…。ついにふたりとなってしまったウシロとマチは、これまで戦い死んでいった仲間たちの、身の回りの人々を巡る旅へ。それは、贖罪の旅なのか…!?