地上が絶望に絶望に覆われてゆく…。陥落する聖域を前に、射手座の黄金聖闘士を継承した星矢は、アテナ神殿に囚われたアテナ沙織を救出するために、最大最後の闘いに挑む! 「EPISODE.G」シリーズ、衝撃の最終章が開幕!!

聖域は万摩殿へと造り替えられてしまった!　囚われの身となったアテナ沙織を救出するために、星矢は単身で頂上を目指す。立ちふさがるは原初神により遣わされた三つ目神!　壮大なるバトルが幕を上げる!

崩壊した聖域で、囚われの身となった女神アテナ・沙織を救出するためにアテナ神殿を目指す星矢の前に、黒き一つ目の神が立ちふさがる。圧倒的な力の前に成す術のない星矢の前に、次元を超えて山羊座の黄金聖闘士シュラが救援に駆け付ける! そこで明かされる聖闘士の宿命、そして黒き一つ目の神の正体。絶望が星矢を襲う…。

世界は炎に包まれ、聖域は陥落し、空から星座は姿を消してしまっていた…。地上を襲う炎をその身に受けて人類を守ろうとするアテナ沙織のもとを目指す星矢の前に現れたのは、「一つ目の神」となった城戸光政…。そして明かされる衝撃の事実!　絶望の中でも諦めず立ち上がる星矢のもとに十二の黄金の聖衣が次元を超えて集結した!!　衝撃のクライマックス!!

星矢は人柱となり、アテナは滅びた…。神の勝利を確信した「一つ目神」たちであったが、新たなる「聖戦」の始まりとの言葉がきっかけとなり、再び赤子としてアテナは降誕した。聖闘士が消え去り、絶望が支配する地上。赤子のアテナの前に最後の、そして最初の聖闘士としてフェニックス一輝が帰還した!

地上に再臨したアテナを亡き者として、「聖戦」を再び振り出しに戻そうとするポントス。一輝はアテナを守ろうとポントスに挑むが、地上に聖衣がない今、生身での闘いはあまりにも無謀だった。だがそのとき、暗黒聖闘士の生き残りである暗黒天馬星座が、己の小宇宙の全てをかけて暗黒聖衣を光り輝く黄金聖衣へと再生させた！ 獅子座の黄金聖衣を纏った一輝の拳が希望の光となる！

一輝が放つ雷光をことごとくかわす旧神ポントス。やはり聖闘士といえども神に抗うのは無謀かと思われたとき、かわされたはずの雷光を集合させ、一つの大きな光とし走らせ、破裂させる一輝。狙いはポントスではなく、次元の壁に穴を開け、違う次元で闘い続ける友を呼ぶこと……。その想いの力にサオリが戦女神、アテナの力に覚醒――。覚醒した女神の力をもって、天秤座の黄金聖衣を纏う紫龍を闘いの場に召喚した！突然次元を越えて召喚されたにも関わらず一輝の言葉に、すぐ女神アテナと地上を護る闘いを決断する紫龍。そんな一輝と紫龍に信頼が生み出す力を感じたサオリ＝アテナは、ポントスに対し人の力を信じると宣言する！ 果たして一輝、紫龍、サオリは、ポントスを撃ち払うことができるのか!?

神から人類を守る最後の砦、五老峰に原初にして顕現乃女神、メーティスが強襲してきた。未だ戦女神として覚醒しきれてないアテナ＝サオリを守るため、龍座の聖闘士、紫龍がその拳をメーティスに放つ。紫龍の一撃に力を感じたメーティスは、自らの体を媒介にその場で男神としての自分を産み落とした。その出鱈目なほどの神の力、対する紫龍は未だ生身……。男神が顕現させた流星群を廬山昇竜覇で消滅させるも、男神の体には届かず、紫龍の体は傷つく一方だった。 一方、紫龍との戦いを男神に任せたメーティスは、アテナ＝サオリを捜し当てる。アテナに迫る危機！ その時、五老峰の住人たちが彼女を護るためにその身を盾にした。命を散らしていく様を目の前で見たアテナ＝サオリが女神の力に覚醒、メーティスの攻撃を凌駕し始める。アテナ＝サオリが女神の力に覚醒したその刻、その身一つで戦う紫龍の元に煌めく光ともに天秤座の黄金聖衣が現出した。 天秤座の黄金聖闘士となった紫龍がその小宇宙を燃やし奇跡を起こす!!!