宇宙船に乗り、剣と魔法の世界に辿りついたノア。魔族達と行動を共にする中で、人間の勇者の襲撃を受ける。勇者が使っていた「神器」と呼ばれる武器は、この星の文明レベルに不釣り合いな機械で作られたものだった。ノアはその謎を解明すべく、魔王の娘・エリーと共に、変装して人間の国への潜入を試みるのだった──。

教皇軍の基地へ潜入したノア達は、そこで「勇者」の素材が、捕らえられた魔族である事を知る。家族を助けるために同行していた魔族の少女ルイを傷付けられ、怒りから暴走してしまうノア。異形へと変身し、見境なく暴れるノアを止めたのは、アンナと名乗る謎の女性だった。アンナは、自分が反教皇の人魔混成レジスタンスのリーダーである事、そして、教皇の実の娘である事を明かすのだった──。

魔族殲滅を目論む教皇を止めるため、宇宙にあるアジトに潜入したノア一行。仲間達は敵の主力を足止めし、ノアを本丸へと送る。ついに教皇と対面したノアに明かされたのは、母が作ったこの世界の暗部──魔族達に課せられた、世界の管理システムとしての悲しい運命だった。そして、エリーの身体を乗っ取り、『彼女』が目を覚ます──。