奈良の公園の池で偶然発見されたニッポンバラタナゴ（ペタキン）。とうに絶滅したと思われていた、その魚の発見は奇跡と称された。ペタキンの生育には、卵を産みつけるドブガイという二枚貝、ドブガイの幼生が成長するためのヨシノボリというハゼの仲間の存在が必要で、その生態系をまるごと維持していた奇跡的な池は「タイムカプセル」と呼ばれた。かつて、ペタキンの奇跡に魅了され、一心に研究を続けていた父親の面影を追って、少女・カナは家を出る。自然と環境、父の足跡をめぐって、とまっていたカナの時間が再び動き出すーー。小学校の学校医を描いた大ヒット作『放課後カルテ』の日生マユ、最新刊！

早くに亡くなった父の面影を追って家出した少女・カナ。何事も長続きしなかった父だったが、その存在に魅了され研究を続けていたのは、奈良の公園の池で偶然発見されたニッポンバラタナゴ（ペタキン）。父は、なぜそこまでペタキンの研究にのめりこんだのか。一度は絶滅したと思われたペタキンと、ペタキンの命を後世に渡した自然、そして自然に関わる人々。父と同じように、うまく生きることができないと思っていたカナだったが、ペタキンの保護活動を続ける大学生たち、それぞれの思いを抱いて自然に向き合う地域の人々との関わりができつつあった。小学校の学校医を描いた大ヒット作『放課後カルテ』の日生マユ、最新刊！

絶滅危惧種の淡水魚・ニッポンバラタナゴ（ペタキン）の研究をしていた父の足跡を追って家出した中学生の少女カナは、大学生のレイとの出会いによって、大学の農学部で生き物の繋がりや遺伝といった生物学の話を聞く。それまで周りの人たちとうまく接することのできなかったカナは、生命が連綿と繋がっていく理由を教わることによって、自分がここにいる意味を知るようになる。 「見つけてくれて、ありがとう」ーー。 亡き父が生まれ育った奈良で生活することになったカナは、若かりし父が悩みながら苦しみながら、しかし、鮮やかにこの土地で息づいていたころの話を聞く。

父の足跡を追って家出した少女カナは、祖母の家に住み、地元の中学に編入する。大学の農学部でペタキンの保護活動をするレイらの“ビオトープ”作りにも加わり、いつしかペタキンの保護活動をSNSで拡めたいと思うようになる。 一方、進路に迷うレイは単身で奈良の山奥の町を訪れ、真木という女性と出会う。仏師を目指すという彼女の口から、とある人物の名前が出てきて……！

地元の中学に編入したカナは、早々に目を付けられ孤立確定するが、アヤとペタキンの広報活動をスタートさせる。レイから、どんな人も、どんな目的も、絡み合って創り出せる場所の大事さを聞いたカナは、父・渡が最期に生きた場所に思いを巡らす。 渡を知る仏師がかつて住み、渡が臨終の地と定めた山奥の地ーーカナは渡を看取った医師に会いにゆくーー！　＜感動の完結巻＞