鷹ノ羽高校に通う亜沙美は、ある日空から降ってきた赤いヨーヨーを拾う。すると彼女にしか見えない謎の少女が出現!　困惑する亜沙美だが、偶然同級生の鈴来が不良たちにカツアゲされている現場に遭遇してしまう。彼を助けようとする亜沙美だったが、このカツアゲにはウラがあって…!? いま花ひらき、咲きほこる、新たなスケバン刑事物語!

空から落ちてきた赤いヨーヨーと謎の少女の力を借りて、“スケバン刑事プリテンド”に変身した亜沙美。学校で立て続けに起こった事件を解決するも、校内は依然、不穏な空気に満ちていた。風紀委員長・川平はそんな学校の風紀を正すため、学校専用アプリを利用して生徒たちを厳しく取り締まる。異様な過激さを帯びた取り締まりに、亜沙美と川平の幼馴染であり風紀委員所属の千里は反発するが…!?

陸上部の盗撮事件を解決した亜沙美たちだったが、今度はダンス部の部長を標的にしたフェイク動画が出回ってしまう。校内で立て続けに起こる事件の裏には、巨悪の陰がうごめいていた。その毒牙はついに、亜沙美たち自身に向けられ…!?

鷹ノ羽高校で起こった数々の事件に関わっていた玲衣と、激闘を繰り広げた亜沙美たち。闘いの果てに玲衣は姿を消し、亜沙美たちは提携校である姫ケ窪学院で夏休みを迎えることに。そこに現れたのは、持ち主不明の白いヨーヨーで…!?

夏休みを終えた亜沙美たちは二学期を迎え、鷹ノ羽高校には新校長・宇佐見がやってくる。謎多き彼は、「スケバン刑事」について知っているようで…!?　校内に大きな波乱が渦巻く中、友を想う亜沙美たちの選択は…!?