時は令和。ある日、騒動に巻き込まれた女子高生・佐木巴は、謎の男から学生刑事“スケバン刑事”に任命される。そして、なぜか気づくと見慣れた学校が、妙に古びた建物にかわっていて…!? 時を超え紡がれる、新・スケバン刑事伝説…開幕!!

時は令和。友人にかけられた試験問題盗難の疑いを晴らすため、奔走する佐木巴。そんな時、再び古びたヨーヨーが光り…彼女は昭和の時代へ。そこで巴は、麻宮サキとともに一つの事件へと挑む。2人の見た真実とは…!?

謎の男から不思議なヨーヨーを託され、学生刑事に任命された引っ込み思案な少女・佐木巴。そのヨーヨーは不思議な力で巴を過去へと誘い、麻宮サキと引き合わせる。麻宮サキと一緒に解決した事件をヒントに、現代の事件も解決していく巴。そして、巴はコート男に時空を超えて麻宮サキと出会い、事件を解決したことを打ち明けると、コート男は自分は麻宮サキの知り合いであることを明かし、そして巴に願いを託して…!?

トモエにヨーヨーを託したコートの男は黒江だった…!!...そして黒江と麻宮サキとの出会いが語られるなか、その会話に引っかかりを感じたトモエ。するとヨーヨーが光り、再び過去へと導かれ――!? 現在と過去、そして人と人をつなぐ泣き虫なスケバン刑事の物語最終巻!!