時は大正、風雲急を告げる日本で太古の神ナゾーの教団が暗躍する。戦争へと向かう軍部は、兵器に利用できるならばと、そのナゾーに接触を試みていた。それを阻止するべく単身で戦いを挑むのは黄金の髑髏…黄金バット！ その依り代となった月城は苦難の中で選択を強いられることになる…。

欧州を第1次世界大戦の戦火が覆う中、敵国である独逸の将校を護衛する密命を受けた月城はバットの能力が使えなくなってしまった。すれ違うバットとの思惑の中で、見つけ出す答えとは…。　そして物語は露西亜のシベリア鉄道へと舞台を移していく。今度の敵はナゾーにより異能力を授けられた怪僧ラスプーチン！

人類は管理されるべきなのか？ はたまた自由意思に任せるべきなのか？ 関東大震災、そして太平洋戦争を目の当たりにして黄金バットの依り代たる月城の心は揺れていた…。黄金バットVS邪神ナゾーの戦いの行方は!?