十五年前、“発明王”アンヘルは、新設の工場都市視察中、新素材の用途を検討するうちに新たな発想を得て、対巨人用の新装備の試作品を製作する。多大な成果を手にして彼がシガンシナ区に帰還したのは、人類が初めて壁の中に巨人の進入を許したあの運命の日だった……!!

キュクロの生存を信じるシャルルは、「装置」改良のために開発者のアンヘルを地下街から連れ出し工場都市に向かう。その頃、調査兵団志願の訓練兵に匿われたキュクロが隠れ棲む猟師小屋に、反体制組織の残党狩りの憲兵が迫っていた！

調査兵団志願の訓練兵の選抜訓練の最中、工場都市からアンヘルとシャルルが訪れて「装置」の完成形たる「立体機動装置」をキュクロ達に披露する。試験運用してその性能に驚嘆するキュクロ達。しかし、彼らがもたらしたのは朗報ばかりではなかった。調査兵団への「立体機動装置」の配備に際し、兵団存続にかかわる条件が憲兵団から突きつけられたのである。

調査兵団は兵団志願の訓練兵達の中から「立体機動装置」を装備する兵の候補を育成するため、特別訓練クラスを設ける。訓練初日、ホルヘ教官は彼らをウォール・マリアの壁上に連れて行き、巨人の姿を見せた。初めて巨人の真の姿とその不死身ぶりを目の当たりにした訓練兵達は恐怖に囚われ、その日より調査兵団志願を取り消す者が相次ぐこととなった。そして、ローザももまた恐怖と意地の狭間で揺れ動いていた。

巨人への恐怖を乗り越えたローザは、適性試験に合格して晴れて「立体機動装置」装備兵の候補となった。しかし、「立体機動装置」の訓練が始まったその日、ローザの装備する装置が不調を起こして飛翔中に墜落する。それは単なる事故ではなく、何者かの装置への細工によって引き起こされたものだった。調査兵団訓練地内に遠征の妨害を企図する者がいるのか！？　結束しかかっていた新生調査兵団に不穏な空気が流れる。

調査兵団再編に半生を捧げた"英雄"ホルヘ、巨人に復讐するために「立体機動装置」開発への執念を燃やしたアンヘル、愛する者を奪った外地を目にしながらウォール・マリアを守り続けてきたマリア──幾多の想いを背負ってカルロ隊長とキュクロら新生調査兵団は不穏な天候の中、ついに壁外遠征に出立する。だが、新班長に任命されたローザは未だ知らない。これが絶望と隣り合わせの長い一日の始まりだということを。

憲兵団から言い渡された期日に間に合わせるため、不穏な天候の中を遠征に出立した新生調査兵団。本隊から数十分遅れて最後尾を行くキュクロ達十班は、本隊の偵察隊が発した巨人発見の合図──「赤星」を確認して現場に急ぐ。一方、監察役として遠征に同行していた憲兵団のシャビィは先行して、いち早く赤星発射地点に達し、巨人と遭遇していた。「立体機動装置」誕生秘話を描く『進撃の巨人』プレストーリー、ここに完結！！