ところはアメリカ中西部。開拓時代を舞台にした映画の撮影が行われていた。バッファロー狩りのシーンの撮影中、謎の東洋人が画面を横切る。彼の名は岩丸知祐、通称ＩＷＡＭＡＬ。ＷＡＡＣ（全米動物愛護連盟）の役員でもある映画監督のケネス・ゴードンが呼んだ獣医である。前日の撮影中に火薬の仕掛けが暴発し、興奮したバッファローが高さ20メートルの鉄骨の足場に突っ込み、７頭が大怪我をしてしまったのだった。プロデューサーはＷＡＡＣの視察に備え、バッファローを処分しようとするが…。

たまたま合コンに出席した美里。獣医ということで話題の中心になるが、大型の動物ばかり扱っていることを話すと、座に冷たい空気が…店に取り残された美里は、同じく残っていた男性と飲み直しに行き、イタリア料理のシェフをやっているという彼に好感を抱く。そんなある日のこと、美里は通勤途中の公園で傷ついた鳩を見つけ、そのまま岩丸のもとへと運ぶ。岩丸の病院もすでに傷ついた鳩でいっぱいだった。どうやら鳩を虐待する人物がいるらしく、怒りに燃える美里は岩丸と共に犯人探しを始めるが!?

ある公立動物園のサイ、つの太の手術に取り掛かることになった岩丸。サイの手術は世界にも例が少ないが、過去３度も手術を成功させている岩丸は落ち着き払っている。だが、手術を開始しようとした瞬間、動物園の園長・桑原から待ったがかかった。彼は保身を第一に考える人物であり、前例の少ないサイの手術の必要性を認めていなかった。結局手術は中止となり、サイの飼育係の勝呂は怒りをあらわにする。勝呂はつの太をアフリカから連れてきて以来、35年間サイの飼育係に徹してきたのだった。岩丸は彼に、何としてもつの太の手術を行うこと...

羊の治療のため、はるばるスコットランドを訪れた岩丸と綿吹。待ち合わせの場所はエディンバラ近郊の廃城・イーストプロクターだったが、付近に牧場はひとつも無い。不思議がる二人の前に、二人組の男が現れる。彼等は岩丸と綿吹に目隠しをすると、彼等の言う「研究所」へと車を走らせる。研究所で岩丸を待つのは、何と遺伝子工学の世界的権威であるウィリアム、ギルバートの両博士。患畜の「羊」とは、分化した細胞から造られた世界初のクローン羊、「ドリス」だったのだ！

ゴリラの診察のため、動物園を訪れた岩丸と綿吹。岩丸は慣れた手つきでゴリラの糞を調べていたが、綿吹はそれがどうにも苦手。ようやく検査が終わり、気晴らしに動物園の中を散歩していた綿吹は、ゴリラを熱心にスケッチする奇妙な男と出会う。山崎というその男は特殊メイクの専門家で、ゴリラをもっと間近で見たいと言い出すが……。

ある日のこと、違法動物商の蒲生一郎を追ってブラジルを訪れた岩丸は、彼を蒲生と勘違いしたエコ警察の刑事、パブロによって身柄を拘束される。そのさ中、パブロは誤ってピューマを撃ってしまい、岩丸は自分が獣医である証拠を見せるため治療をかってでる。ピューマは回復し、容疑が晴れた岩丸はパブロとともに蒲生を追うが……。

沖縄の闘牛横綱・志喜屋２号は、秋の大会で同じ横綱の闘魂パンダを倒し、優勝を決めた。上機嫌で家路につく牛主の志喜屋は気が緩み、飲酒運転をしてしまう。そのとき、車の前に猫が飛び出し、大事故に。その事故で、志喜屋２号は重傷を負ってしまい……。

アフリカ南部の国・ボツワナで、これまでワシントン条約によって禁じられていた象牙の売買が、試験的に許可された。それと共に、密猟が増加し出す。岩丸は密猟によって傷つけられた動物を治療するため、軍の野生動物保護隊に呼ばれた。しかし、密猟団に綿吹を人質に取られ、自身も捕まってしまう。密猟団一味の岩丸への要求は、野生動物保護隊でのスパイ活動だった。

公園で寝ていた岩丸は、何者かにモデルガンで撃たれた。被害者は、岩丸の他にもたくさんいるようだった…。ある日、いつものように公園で無差別に狙撃をしようとしている犯人の前に、野生化したアライグマが現れた。男は、そのアライグマを飼いだすが…。