不登校児のセミナーを受け、父親と共にケニアを訪れた吾妻晴。だが、父の真の目的は、晴を殺して保険金を得ることだった。父に拳銃で撃たれた晴は、人類発祥の地・オルドバイ渓谷に転落し、意識を失う…。全身を貫く激痛、大地に染み込む血。晴は悪夢に満ちた16年の人生を振り返り、来世に思いを馳せる。だがその瞬間、何者かが彼の脳に語りかけてきた!!

エボィラの伝染によってもぬけの殻となった病院で、自分を介抱してくれたシスターを看病する晴。だが、医者も薬もなく、彼女の容態は次第に悪化してゆく。途方に暮れる晴の前に、再びWILLが現れる。晴は彼を自分の妄想だと考えるが、Ｗｉｌｌはふたりが協力すればシスターを救うことができる、と言い出す。

次世代を築く仲間を探すため、新宿の街頭でアジ演説を始めた晴。だが協力者は現れず、ホームレスに酒を飲まされた晴は、酔いつぶれて身の回りの物を全て盗られてしまう…。

何者かに拉致され、迎賓館でアメリカ合衆国大統領に引き合わされた晴。そして晴は大統領の挑発に乗ってWILLを召喚する。だが、真の敵は晴がオメガであることを知った上で接近を試みた、ファーストレディのイブ・L・ホークスだった。WILLとは別の種のオメガである彼女は、驚愕の事実を明かす…！

金木英姫は、最近物忘れが激しいことに悩みを抱いていた。左のおしりにオメガのマークが現れてきたのも同じころ。しかも、自分の意志とは別に体が行動するようになり、ますます混乱し始める。一方、晴に頼まれたマントを作り終えた羽柴恵美は、英姫にそれを渡す。マントをもらい途方に暮れる英姫だったが、立ち寄ったファーストフード店に、なんと晴たちがいた。晴は、英姫に一番勢力の大きい暴走族を紹介してほしいというのだが…。

極東連合の総長・梶秋一は、ピザ屋の格好をした青年（晴）をタクシーで追いかけていた。しかし、タクシーの運転手もオメガのひとりと知った梶は、事故を起こさせてその隙に逃げようとするが…。

晴によってオメガに変身した極東連合総長・梶秋一。狼藉の限りを尽くしていた彼は、突然身体がウロコだらけの男に襲われることに。そこへ謎の美女・劉水華（リュウシュイホア）が現れ、梶を助けるが、彼女も実はオメガだった！　彼女は梶を自分の父親に会わせようとするが…。

スイス・ダボスで行われていた、世界中のオメガが集まる年に一度の定例会。しかし晴はその席に現れなかった。その頃日本では、自衛隊幹部の卵たちが集う防衛大学に“江戸川晴郎”という謎の新入生が…。

秘密部隊のメンバー・荒戸源一郎の取り込みを試みる晴が、死んだ長男・武士を調べようとした矢先、真島が何者かに襲われた。犯人とみなした大輔を捕らえた晴だが、「真犯人を教えるかわりに俺を仲間にしてくれ」と懇願され、大輔を仲間に加えることに…。

晴の子を妊娠した恵美を救出すべく、姉島へ向かった晴。だが、小菅の仕掛けた罠が起動し、恵美は重傷を負ってしまう。しかも彼女を迎えに来た救急隊員の正体は、何と小菅自身で…。一方、英姫と真島は消防本部で出くわした源一郎たちから、小菅が木原らの手により脳手術を施された“人間兵器”であることを告げられる。