ボーナスが百万円以上出ると豪語するスナミ先生は、そのボーナスを不景気な少年達（メタクソ団）に分けてやろうと言う。メタクソ団と話し合い、トリ肉をたっぷり入れた寄せ鍋を食べようとまとまったスナミ先生だったが、現物支給となったボーナスをジャンケンにかけて負け、ほぼ丸ハダカになってしまう。そんなスナミ先生にガッカリするメタクソ団は、自分たちでトリをつかまえて鍋にしようと考えて……!?

伊賀の忍者・マタンピ校長を倒すため、甲賀の里でコーガン道人の下、コ～ガンゴロゴロな修行に励むスナミ先生率いるメタクソ団。しかしコ～ガン踊りばかりでしびれをきらしたスナミ先生達は、忍者の免許証・甲賀忍法帳を早くくれと要求して、恐ろしい“甲賀暗殺隊”が待ち受ける地獄岳に生きてたどりつくという課題を出される。それは甲賀忍法帳を高く売りつけようとするコーガン道人の単なる脅しだったのが……!?

新団員・ピッピと組んだスナミ先生は、ほかのメタクソ団と対立して地下部室を半分ずつに分ける。たくさんの家具をもってきたピッピと、部室の大改造を進めるスナミ先生だったが、配置にケチをつけたりカナヅチで叩いたりしたピッピを「ど近眼」と罵って逆上させる。そしてピッピのカナヅチ攻撃で痛い目にあったスナミ先生とメタクソ団は、団結してピッピを追い出そうとするが……!?

久しぶりに登場して主役にこだわるトイレット博士は、ダラビチ博士やスナミ先生、一郎太（いちろうた）を押しのけて主役で居続けようとする。そんな時、一郎太から「主役なら何かやれよ」と言われたトイレット博士は、うんこの観察で体の異常がわかるという理論を展開する。そこへ、大量のうんこをまき散らす初登場キャラ“うんこ”と、下を向いたら鼻水が洪水のようにあふれる“青バナ”が現れて……!?

泳げるようになって臨海学校を楽しみにするスナミ先生は、朝の貸し切りバスに乗るため、寝過ごさないように宿直室にメタクソ団と泊まる。そして無事バスに乗って、なんとか臨海学校の宿に着いたスナミ先生は、その夜、生徒に出された夕食があまりに貧相すぎて、宿に文句を言いに行く。そこで宿の主人から、先生達には豪華な食事が用意されており、生徒が寝た後はキャバレーにも行けると知ったスナミ先生は、生徒達に一芝居を打って……!?

ワルとか不良とかいわれるスナミ先生率いるメタクソ団は、皆からパーティーに誘われず仲間はずれにされてしまう。そんな扱いに激怒したスナミ先生達は、徹底的にワルになってやるとメタクソ団改め極悪非道団となり、空き地で遊ぶ子供達からお菓子を巻き上げたり、肉を盗んだ野良犬をいじめたりする。そしてクリスマスケーキを強奪しようと考えたスナミ先生達は、複雑かつ緻密な作戦を立てて……!?

新品のブリーフに着替えて気分一新で新学期を迎えたスナミ先生は、隣の席になった新人教師・野口（のぐち）に優しい先輩だと思われたくて、いろいろとしつこく面倒を見る。そしてトイレに行ってうんこした野口は、水が流れなくて困っていた所をスナミ先生に流してもらうが、オンボロトイレを直さない学校に不満を漏らす。そんな野口に学校を悪く言うなと注意したスナミ先生は、その愛校心に感動した野口と仲良くなるが……!?

ロボットになったスナミ先生は、待望のボーナスで新しい部品を買おうとするが、ボーナスが少な過ぎて困ってしまう。そんな時、ドクタードラゴンから、自分の研究に協力すれば望むものは何でも手に入ると言われたスナミ先生は、喜んで彼の研究所へと向かう。そして、そのオンボロの研究所で遊んでいた子供達の悪態に激怒したドクタードラゴンは、超能力を使って子供達に制裁し、それを見ていたスナミ先生は……!?

運動会のクラス対抗リレーで、Ｂ組のスナミ先生に対抗意識を燃やすＡ組のクチビル先生は、トイレット博士にお願いしてリレー用脚力増強機械・ミグルシー25をもらう。ピッピの情報でそれを知り、ミグルシー25が気になるスナミ先生は、Ｂ組へ亡命してきたＡ組の赤田（あかた）の手土産でミグルシー25を手に入れる。そこでミグルシー25を分解して調査しようとするスナミ先生達だったが、その内部にはクチビル先生が潜んでいて……!?

修学旅行宿泊旅館選定会議で、奈良園を勧める校長と京都園を推薦するスナミ先生で意見が対立する。自分が勧める旅館に決まったら、その旅館からワイロがもらえるので必死になる校長とスナミ先生だったが、いつまでたっても決まらず、どっちの旅館の食事がよいかで決着をつけることになるが……!?そして一郎太（いちろうた）達が卒業してしまい、スナミ先生一人だけになったメタクソ団はどうなる？ちょっぴり感動しちゃう完結巻。