西暦2199年。地球は外宇宙からの侵略者・ガミラスの遊星爆弾によって滅亡の危機に瀕していた！もはや滅亡を待つだけかと思われた地球人類のもとに、惑星イスカンダルより通信カプセルが届く。カプセルには「放射能除去装置・コスモクリーナーをイスカンダルまでとりにきなさい」というメッセージと、ガミラスの戦艦に対抗できる波動エンジンの設計図が入っていた。設計図をもとに宇宙戦艦ヤマトを完成させた人類は、イスカンダルに向け、今、ヤマトを発進させる！

ヤマトのイスカンダルまでの大航海から2年の月日が流れた……。地球はようやくかつて繁栄をとりもどしていたが、束の間の平和は、地球の人々から危機感を失わせてしまった。巨大な白色彗星の接近と、“なにかの危機”を知らせる外宇宙からの通信は無視され、ヤマトの廃艦が決まる。ヤマトの元乗組員達は、ヤマトを守るため独断で発進を決行する……。

地球の誰もが「危機などせまっていない」と笑うなか、独断で発進した宇宙戦艦ヤマトとかつての乗組員たち。地球防衛軍はその威信を守るため、ヤマトに最新鋭艦アンドロメダを差し向ける。地球人同士で戦わなければならない運命を、艦長代理の古代進は覚悟するが……。人の気持ちを感応できてしまうがために、デスラーと地球人の間で苦しむ母子をえがく外伝「永遠のジュラ編」も収録。