海底で異変が起きている!?地球規模の危機に、深海探査船「くろふね」は日本海溝に向かうが、1万メートルの深海で遭遇した「ヘルメット党」の潜水艦によって破壊されてしまう……。「くろふね」に乗船していた沖博士の息子・ススムは、「くろがね」と共に海に消えた父と兄の遺志を継ぎ、二人が残した潜水艦「スーパー99（ナインナイン）」に搭乗する！なぜ「くろふね」は狙われたのか？「ヘルメット党」の目的は？「スーパー99」、今、出航のとき！松本零士が描く大海洋アクション！

世界支配を目論む「ヘルメット党」は、障害となる超潜水艦「スーパー99」に対抗するべく99の二番艦「スーパー100」の建造を進める。「スーパー99」の秘密をしる少年・沖ススムは、「ヘルメット党」に捉えられた父と兄を助けるべく奮戦する！全ての生命の母、海を舞台に少年が大活躍！松本零士の海洋アクションの傑作が完結!!