ある日、町の家々が地面ごと浮き上がっては消えるという天変地異が起き、江戸中は大騒ぎ！　消えた町の中には、25年前に行方不明になった科学者、風速半平太が残した宝を埋めた場所を示す地図を持った、こまぎれこぞうと呼ばれる男もいた。その地図を求め、半平太の息子・一平太が異国から日本へ戻って来るのだが…!?　宝を奪うため、蛇の巣一族、赤マントの男、奉行所の役人たちが激突する！

日本に住むことになった風速一平太に、おてる父娘は大喜びだが、またしても事件が。日本征服を企む怪人・海賊豚天鬼は一平太を強敵と見て、おてると千吉を誘拐して一平太をおびき寄せる。そして池田藩の役人・保黒に変装した手下を使い、御金蔵から一万両を盗み出すことに成功。だが、小判鮫と名乗る謎の男が現れ、盗んだ一万両が奪われてしまい…!?