勇敢なる式神つかいと心優しき探偵の物語、開幕!!　都内の櫻ヶ守公園内で起きた、4人の少年のバラバラ殺人事件!!　人の手では到底なしえない犯罪に、調査のため、式神つかいの少年・嘉神恭介が派遣される。現場で出会った探偵の美好マコと共に犯人を捜し始める恭介。だが、彼らに犯人の危険な式神が襲いかかり…!?

炎の式神つかい・皇開斗!!　恭介と相見える彼の実力は…!?　夕凪学園で夜間に起こる謎の事件。調査を開始した恭介は、学園に潜む奇妙な鬼に襲われるのだが…!?　一方、炎の式神をつかう少年・皇開斗が恭介の前に現れる。幼馴染の彼と旧交を温める間もなく、恭介は開斗と共に、関東山中で暴れる謎の怪物退治に向かう…!!

大規模式神テロへの対抗組織へ、式神協会は新たな一歩を踏み出す!!　マガツヒ暴走事件の黒幕を捜し、実行犯・金巻と対峙する恭介とマコ。金巻が操る螺子の集合体の式神に、追い詰められた恭介は新たな力を求めるが…。事件解決から一週間後、式神協会は式神テロへの対抗組織として認められる。その中で戦闘部隊を選別する為の戦力階級審査が行われて…。

白熱する戦力階級審査!!　強者達の想いが激突する!!　熱戦続く式神グレードマッチ。続々と実力者が勝ちあがる中、烏丸が告げる恭介の弱点とは!?　そして、苛立つ姫吊に恭介とハクは新たな力をぶつける!!　一方、マコは金巻の荷物から、ある家紋を見つけるのだが!?

式神協会を占拠した終月一族!!　恭介はマコと世界を救えるか…!?　終月一族に占拠された式神協会本部に突入した恭介達!!　式神つかい破滅の亡族・終月が狙う協会最深部の白禍深獄を目指し、烏丸、狗星、そして開斗が道を切り開く!!　そしてマコを救うため、地下へと向かった恭介とハクは、ホローラビットとの最終決戦に臨むのだが…!!