【デジタル着色によるフルカラー版！】突如めだかたちの前に現れた、中学生時代にめだかや善吉と因縁のあった少年、球磨川禊。彼が箱庭学園に訪れた理由、それは新設されるマイナス十三組の生徒として召集されたためだった。そして球磨川を初めとする「過負荷」たちが、ぞくぞくと箱庭学園に集結し始める！　（56話「中学時代の先輩ですよ」～64話「やってみるか」までの9話分を収録）

【デジタル着色によるフルカラー版！】球磨川率いるマイナス十三組に対し先手を打つため、前生徒会長・日之影空洞に助力を求めるめだかたち。しかし、箱庭学園一学期終業式の日、会場に現れた球磨川たちが箱庭学園の校則に基づき、めだかに生徒会長の解任請求を突きつける！　（65話「箱庭学園の生徒会長は」～73話「今から俺は」までの9話分を収録）

【デジタル着色によるフルカラー版！】かつてない混乱の中、幕を開ける書記戦。過負荷・志布志飛沫たちの謀略で傷ついた阿久根に代わり、黒神くじらが極寒空間でのバトル『冬眠と脱皮』に挑む。巨大冷蔵庫に足を踏み入れたくじらと飛沫、2人の闘いの行方は…!?　（74話「絶対に勝って」～82話「あんたの息子だぜ」までの9話分を収録）

【デジタル着色によるフルカラー版！】両者1勝ずつで迎えた会計戦。あくまで引き分けを狙う球磨川のとった奇策により、時間切れを迎え爆発するブレスレット。果たして球磨川と善吉の安否は!?　そして、過負荷・江迎怒江のとった思わぬ行動とは…!?　（83話「仲間思いな男なんですよ」～92話「永遠に揃わないと言われていた」までの10話分を収録）