南海の孤島の次世代デュエリスト育成のための学園、デュエル・アカデミア。そこで三クラス中最下位で成績次第では退学もあるクラスにいながらも、実力を持つ遊城十代。彼と、その仲間達の決闘物語、スタート!!　※デジタル版には同梱カードは付属しておりません。ご了承ください。

第3回デュエル世界チャンプ・紅葉が持っていた、世界でたった一枚のカード「ジ・アース」。そのカードを所持する十代。譲られたというそのカードと、チャンプだった紅葉と幼き頃の十代との秘密が今、明かされる!!　※デジタル版には同梱カードは付属しておりません。ご了承ください。

カイザー亮への挑戦権を賭けたデュエル大会が開催され、十代達は決勝Tを目指し激しい決闘を繰り広げる!!　一方、その裏でアメリカからの留学生・ラブとマックは精霊の宿るカードを探し、大会に参加するが…!?　※デジタル版には同梱カードは付属しておりません。ご了承ください。

準決勝で、対戦相手の三沢に融合召喚を封じられ、苦戦する十代。一方精霊のカードを狙うデイビットは万丈目との対決で“闇の決闘”を始める。魂の闘いでダメージを受けつつも反撃する万丈目。勝負の行方は!?　※デジタル版には同梱カードは付属しておりません。ご了承ください。

いよいよ十代vs万丈目の決勝戦。両者の引けを取らない決闘に会場はヒートアップ!!　果たして勝者は…!?　一方、留学生マックは響に対し、弟・紅葉の身に起きた秘密の開示を条件に“闇の決闘”を持ちかけるが…!?　※デジタル版には同梱カードは付属しておりません。ご了承ください。

念願のカイザー亮との決闘！　自分の最強手札である光と闇の竜を召喚し圧倒する万丈目!!　しかし、対するカイザーは余裕の表情を見せ!?　その頃、十代は響を救うため、マッケンジーと“闇の決闘”を開始する!!　※デジタル版には同梱カードは付属しておりません。ご了承ください。

アメリカからやって来た4人のデュエリスト！　勝負を仕掛けるクロコダイルに余裕を見せる吹雪は!?　十代と万丈目が持つ精霊のカードを狙う謎の黒い影が暗躍する中、タッグ・デュエルでの交流戦が開始される!!　※デジタル版には同梱カードは付属しておりません。ご了承ください。

新デッキ「M・HERO」での初決闘！　エドを相手に善戦、勝利目前まで追いつめた十代。しかしプロの華麗な決闘をみせつけられ!?　そしてエドはジュニア時代の因縁に決着をつけるため、吹雪に勝負を挑むが!?　※デジタル版には同梱カードは付属しておりません。ご了承ください。

【ページ数が多いビッグボリューム版！】激しさを増す日米交流戦!!　十代は、吹雪の挑戦を受けるが、危機的状況の中、不吉な“闇の決闘”の存在を感じ取る!!　闇を操る男の真の姿と、その目的は!?　そして十代は壮絶なる最終決闘へ…!!　激動の完結巻!!　※デジタル版には同梱カードは付属しておりません。ご了承ください。