真冬にミスコン「ミス農大落とし」が突如開催されることに。賭で金儲けを企む美里や謎の刺客を送り込む樹。男達の欲望と思惑を巻き込みながらノミネートされた6人の女（？）達！　現ミス農大・武藤が王座を死守するのか、それとも新女王の誕生か！　イブニング連載時に読者投票で新ミス農大を決める、という無謀な実験を行ったもやしもん。11巻は全編「ミス農大落とし」!!

もやしもんは、菌が肉眼で見える主人公・沢木直保とその仲間たちと菌とウイルスが農大で右往左往する物語です。物語は沢木たちがずっと準備していた日本酒造りに突入。それに並行して「大人になるってなんだろう？」と真剣に考えたりもします。

春は新たな出会いの季節。樹ゼミの日本酒造りは佳境。そしてゼミの面々の1年間も大詰め。西野の受験の結果は？　酒造りはうまくいくのか？　そして主人公沢木の1年間はどんな結末を迎えるのか？　学生達と菌達がわちゃわちゃする、農大青春発酵菌漫画もやしもん、大団円の13巻！　なお、13巻目にして初、カバーの中央を飾るのは、主人公沢木直保です!!