それは不気味な、まるで地獄の底から聞こえてくるような笛の音とともに現われる灰色の馬車……。昔話に語られた灰色の馬車の歴史が現代に受け継がれ、週１度金曜に不良少年を狩り集める灰色馬車と呼ばれるワゴン車があった。そうして集められた不良たちが連れられて行くのは、非行少年艦『海の檻』――それは収容人員300人、出航時の３分の１は訓練と体罰により、その命を海の底へ沈めるという海上の少年院だった!!

自称モナコ公国の王子・四葉真記ことマックは、彼を王子だと認めない反対派の罠により、殺人の罪を負わされ、非行艦に連れて来られていた。乗船してすぐに院内のＤブロック長になったマックは、院生の幹部たちに脱走計画を持ちかけられたが、ちょうどその時船倉が爆発炎上し、その容疑がなんとマックにかけらてしまった！心やさしい少年マックを通じて、真の勇気とは何かを問う!!

月に一度、非行艦の艦内を暴風のように暴れまわり、指導官たちをネズミのように殺していく、バイクに乗った謎の人物がいた。院生たちが『ヌシ』と呼ぶ、そのバイクが消えた辺りにいたマックを指導官長はヌシの正体だと睨んだ。そこで小学生の小次郎を使ってヌシを炙り出そうと、残酷なリンチにかける。そして、まんまと現われたヌシ！だが結局逃げられてしまい、『ざんげ島』で罠を仕掛けることにした!!

ざんげ島で非行艦からの脱走を図ったマック、トコヤ、死田の３人は、指導官たちに激しく追撃されていた！武装ヘリの射撃を受けて、乗っていたトラックが横転。マックは左腕を骨折し、死田は足を鉄柱に挟まれて身動きすることもできなくなっていた。刻一刻と近づく危機……。そこでマックは、折れた左腕に縄で大口径のマシンガンを縛りつけ迎撃したのだ！

非行艦の積荷を移してた貨物船が難破し、積荷だった毒ガスがざんげ島を襲った。不良息子たちの面会に訪れた家族全員が、そのガスによって死に追いやられようとしていた。そして、遂にマックたちＤブロックの者たちが行動を起こし、艦の乗っ取りを決行することに!!マックたちは銃器を集め、指導官食堂を本部とし、ブリッジにまで到達。目指すは、ざんげ島だ！

指導官会議室に置かれた大きなクマの剥製から、なんとヌシがバイクで飛び出してきた!!マックたちと指導官たちの攻防は激化したが、院生たちは官長側とマック側、都合の良い方につくように裏切りをくり返した。そんな状況下、コンピューターのプログラムをざんげ島へ変更させたマックは指導官長の怒りを買い、ドーベルマンのいる箱に入れられてしまう！一方で、海上をバイクで走るヌシが指導官たちを射殺していった!!

実は非行艦『海の檻』は、院生の更正という目的のほかに、兵器の密輸も行っていたのだ!!日本政府は財政難を解消するため、ひそかに兵器を密造密輸していた。だが、輸送中の毒ガス兵器が漏れてしまったことで、日本政府は艦にいるすべての人間を抹殺することに決めたのだ!!日本を敵にまわして、生き残りをかけた最後の攻防戦が開始された――!!