厳流島の戦いから十数年―― 四十四歳となった宮本武蔵は、養子・伊織と共に大名家へ逗留することとなった。 腰を落ちつけた武蔵はこれまでの己の戦いを振り返りながら、島原の乱や後進の指南に当たる。 一方で佐々木小次郎の元弟子が、仇敵とする武蔵をつけ狙うのだが…。

客分として熊本・細川家に逗留していた宮本武蔵は、藩主・忠利に勧められて兵法書の執筆を決意。 霊巌洞にこもった武蔵は病魔におかされながらも『五輪書』を記し続ける。 そして武蔵が大往生を遂げる時、巌流・佐々木小次郎との長きにわたる因縁にも決着が… 宮本武蔵の養子・伊織と巌流・佐々木小次郎の元弟子が見出した孤高の剣豪の真髄とは!?