地下世界の創造主ゼルヴァンスが地上に復讐すべく造り上げた“細菌”とは、超巨大怪物だった!!　その怪物を始動させたゼルヴァンスの、当面の狙いは地下世界の光源“天源宿木”の破壊!!　光を奪われた地下世界は滅亡するしかなく…そんな危機に瀕して、ココとバーツが、ついに共闘を決意!!　かつて世界を救った英雄と、その背中に憧れ続けた海賊が、巨大怪物に立ち向かう…!!

ゼルヴァンス・ゴート配下のデイトに海賊としての資質を試されたココとバーツ。見事合格を勝ち取り、ゴートとの直接対面へ!!　初めて見る地下世界の創造主はスケールのデカい、まさに巨凶!!　さらには大量の巨獣兵器を従え、地上世界を殲滅せんと野望を滾らせていた!!　その蛮行、絶対に許すまじ!!　ココとバーツ、そしてクルーたちは、最終決戦へと覚悟を固め…!!

地下世界の創造主ゼルヴァンス・ゴートと対峙したココとバーツ。自分勝手な理由で地上世界への復讐を目論むゴートに怒りを禁じえない2人はゴートに対して宣戦布告。クルーたちも最終決戦に向けて準備を重ねる中、古文書から“火を噴く花”の存在を発見。決戦への有効な兵器として確保すべくスパードたち一隊が遺跡へ向かうが…そこに現れたのは超獣テフ!!　暴風雨のように猛るテフはスタッグを攫い遺跡の奥へと姿を消した。 その頃、バーツとココは地上世界へと続く天空の穴を塞ぎに飛空艇で向かうが、そこに待ち受けていた試練とは…!?

地上世界への復讐を目論むゼルヴァンス・ゴートが地上殲滅作戦を始動!!　大量の巨獣兵器“細菌”を率いて地下から地上へ進軍開始!!　対するココとバーツは各々のクルーを総動員し、ゴートの野望に立ち向かう!!　そして地上の海賊、デッド、ハルク、ナッツ、バクチ、そして生き返ったニグも参戦し、世界を救う最終決戦に挑む!!

ココとバーツの海賊連合vs地下世界の創造主ゴートの最終決戦!!　敵味方入り乱れる自船を巨砲で大破させたゴート。地上殲滅作戦のためには手段を厭わないヤバい相手に、ココとバーツのクルーたちは力を結集!!　さらには地上より降臨したニグや、ゴートに種を滅ぼされたテフも一丸となって反撃!!　世界の破滅か、救済か、陸海空を舞台にした壮大なる戦いの結末は……!!　万感の最終巻!!