10歳の少年・足立三郎丸は終戦間近の昭和20年8月、福岡県の玄界灘に浮かぶ孤島・神対島で暮らしていた。終戦を迎えた日本で、海女の母親と強くたくましく成長していく三郎丸の姿を描く！ 三郎丸が住む玄界灘の神対島にも敗戦の荒波が押し寄せてきた。時を同じくして、ほほえみ善次郎が率いる玄海一家の縄張りの神対島に、後藤寺組が参入してくる。善次郎と海水での兄弟盃をかわしていた三郎丸は――。

戦後の混乱期の中、三郎丸は中学生になっていた。子どもたちを取り巻く環境も悪化し、非行に走る少年たちが悪さを繰り返していた。小倉の街に3年ぶりにやって来た三郎丸も、不良少年のひったくりにあってしまう。彼らを追った三郎丸の前に現れたのは、グループの頭・小倉のタカという少年だった…！ 一方、三郎丸の母親は神対炭鉱で働いていた。その炭鉱を仕切ることになった政治結社の親玉がゴロツキを送り込みイヤがらせを始めると、炭鉱の民衆の不満が爆発して……。

上層部に対して我慢の限界を超えた三郎丸ら鉱夫たちは、ついに暴動を起こす。そして、三郎丸は炭鉱の責任者の宝部を殺してしまうのだった。警察から追われる三郎丸を、ほほえみ善次郎や米軍のジェシカ大尉らは助けようとするのだが……。 昭和25年、16歳になった三郎丸は、人殺しの罪で追われた神対島を離れて東一郎と名乗り下関の魚市場で働いていた。そこでとある母娘と出会ったが、娘の梓に惚れている真中組若頭と争い、真中組組長らも巻き込んで大騒動を起こしてしまう！そして、下関にもいられなくなってしまうのだった……。

小倉に戻ると、三郎丸を兄貴と慕う小倉のタカが待っていた。タカは足立組の組長になるよう、三郎丸に申し出る。その頃、小倉には若い女たちの集団やチンピラグループが乱立していた。 小倉で三郎丸は、タカが率いる集団の火見子と仲良くなるが、彼女の男・英吉が少年院を出所してくるという。三郎丸と火見子の仲に気づいてしまった英吉を見て、三郎丸は身を引こうとするが……。その後、三郎丸の耳に思いもよらぬ知らせが入る。自分に弟ができたというのだ……。

正式に足立組組長を名乗ることになった三郎丸は、小倉の親分衆を取持人や役員人にして儀式をすると、教師だった白菊と所帯をもつことに。足立組結成から1年以上が過ぎて地盤を着実に固めていったが、組が大きくなればなるほど、他の組織との抗争が絶えなくなっていく──。 昭和27年4月に米軍占領時代は終わりをつげた。かつて世話になったほほえみ善次郎が筑紫海蔵舎の二代目を襲名する運びとなり、その披露の前に三郎丸を訪ねて来るが、そこに善次郎を狙う刺客が現れた！

18歳になった三郎丸に息子が誕生し、一朗丸と名付けた。幸せ一杯の暮らしのはずが、洞海湾の権利をめぐり、親足立組派と反足立組派が一触即発の状態になっていた。昭和28年6月、反足立組の九州百人会と本格的な抗争に突入していく。三郎丸のもとには次々と刺客が現れ、ドクロ団までもが迫るのだった。 執拗に三郎丸の命を狙う九州百人会の水巻。その息子が小天狗と名乗っていると知った三郎丸は、水巻親子をこらしめるため豊前の霊山に向かった！

抗争の激化で、三郎丸の足立組一派と九州百人会の組長や幹部連中が次々と殺されていった。三郎丸は水巻の愛人の麗華を監禁し逃がして跡をつけ、水巻の潜伏先をつきとめたが、やって来た三郎丸たちを待ち受けていたのは!? 逮捕されて懲役8年6カ月となった三郎丸だったが、脱獄が成功して足立組の面々と再会できた。しかし、死んでいった者たちに申し訳なく、三郎丸は刑を務めるため刑務所へと戻った。三郎丸より先に出所したタカは霧ヶ峰組を興すが、遅れて出所した三郎丸は組には戻らないと決意する！