主人公・京乃まどかは故郷である千葉県・鴨川の海を心から愛する女子高生。「困っていることがあったら、100％助っ人しちゃう」のが売りの“鴨女ジャージ部”ただ一人の部員として、今日も元気に活動中！　しかし謎めいた美少女・ランと出会ったことで、まどかの日常は一変！　“ウォクス”と呼ばれるロボットに搭乗し、宇宙から来襲する敵と戦うことに…ッ!!

再びウォクス・アウラに搭乗し、イゾ迎撃に出るまどか！　だがそこにキリウスが現れ、まどかは、はさみうちにあってしまう…。そんなまどかの窮地を救うべく、ランはウォクス・リンファに乗り込み出撃するが、ウォーリア形態に変形できずにいた。２対２のタッグマッチの行方はいかに!?　一方、鴨女ジャージ部には謎の少女・ムギナミが入部。だがその裏には反ポリへドロン義賊同盟の影が…!?

ウォクスを狙うヴィラジュリオとの最終決戦の幕が開けた！　ムギナミに対し冷徹な態度をとるヴィラジュリオに、まどかの怒りは頂点に！　次の瞬間、まどかがついに輪廻を開いてしまった!!!　そしてその輪廻の中、まどかはヴィラジュリオの妹であり、惑星デ・メトリオの王女であるユリカノと出会う…！　一方、イゾ、キリウス、アレイの３人はユリカノの意志を推し量り、ある決断をする！　地球の命運をかけた最後の戦い、その行方やいかに!?