新人寿司職人コンクールでプレーオフの末、将太は強敵・マグロ哲こと清水を破り、見事優勝に輝く。親方に鳳寿司のツケ場に立つことを許された将太。その評判を聞き、料理評論家の武藤が店に現れる。「料理人殺し」の異名を持つ武藤がふっかける無理難題を将太はクリアできるのか。

鳳寿司のツケ場に立つことを許された将太。評判を聞きつけやってきたのは、「料理人殺し」の異名を持つ料理評論家・武藤。彼の繰り出す無理難題をことごとくクリアしていく将太に、憎しみを募らす武藤は、自分のテレビ番組で、将太とかつてのライバル・紺屋碧悟とを対決させようと企む。卑劣な手段で将太を貶めようとする武藤たちに、将太は対抗できるのか!?

「料理人殺し」の異名を持つ料理評論家・武藤の策略で、かつてのライバル・紺屋碧悟とテレビ番組で寿司勝負をさせられた将太。武藤たちの卑劣なやり方を見事暴き、武藤と紺屋を完全撃破した。ある日、親方から古い知り合いの店を手伝ってほしいと頼まれた将太は、中央区の富寿司へと助っ人に行く。そこは、昔ながらのやり方を守る、出前専門の店だった。

着々と実力をつける将太は、親方から新人・飛男の教育係を命じられる。ある日、禁じられていた煙草を吸っているところを見つかり、叱られた飛男は、店を飛び出してしまう。鳳寿司に戻る条件として、親方を満足させる寿司を作るという難題を出された飛男。将太は、初めての後輩である飛男をうまくサポートできるのか。

新人寿司職人コンクールの全国大会を控えて、日々修業に励む将太。親友のシンコや、後輩飛男もメキメキと成長し、鳳寿司は活気にあふれていた。そんな時、再び料理評論家の武藤が現れた。寿司ネタとしては異例の鮎の寿司を作れというのだ。最高の天然の鮎を求めて将太は高知県四万十川へと向かう。

料理評論家・武藤の計らいで、幻の寿司職人と呼ばれる大年寺と一対一の真剣勝負に挑む将太。課題は「山の幸」「川の幸」「海の幸」の三番勝負。圧倒的な技術と知識を持つ大年寺に敗れた将太だったが、「寿司を握るということは自然の恵みの命の精髄を握りこむこと」という武藤の言葉に大きな感銘を受けた。寿司職人としてまたひとつ成長した将太は、コンクール全国大会に向け修業に励む。

テイクアウトの弁当店の台頭で、鳳寿司の経営に陰りが。将太たちは、時間がたっても美味しい寿司弁当を考案し、店の危機を救ったのだった。ある日鳳寿司に、巨大チェーン笹寿司の命令で、将太の父・源治の乗った船を転覆させたという男が現れる。男は、笹寿司への借金のためとはいえ、企みに加わってしまったことを悔い、許しを請う。征五郎は、将太に男のために「お金のいらない」マグロ尽くしを作ることを命じるのだった。