電脳騎士アルゴと一体になった高校生が、電脳世界の敵とバトルを繰り広げるアクショアドベンチャー。秋葉原にある万世橋学園高校に通う自称天才ゲーマー・基町走太郎（もとまち・そうたろう）は、知り合いである軍部（ぐんべ）の店で謎の基板を発見する。その時、近くでチャットをしてた走太郎の幼なじみ・秋川理沙（あきかわ・りさ）は、アルゴという謎のメッセージをフロッピーディスクに記録するが……!?

怪物へと変身した蟻元（ありもと）に襲われた基町走太郎（もとまち・そうたろう）は、電脳騎士アルゴを自分の体内に入れる。そして、アルゴとともに蟻元を撃破した走太郎だったが、そこに蟻元を操っていた黒幕・電脳世界の神が出現する。走太郎のことをバグとみなして消去しようとする神に、アルゴは戦いを挑んでいく。

日本中の男たちが熱狂するスーパーアイドル・マユは、ホログラフィによる疑似人間プログラムであった。基町走太郎（もとまち・そうたろう）と出会って、感情を持つようになったマユは、事務所の社長によって思い通りに動くようにプログラムを変えられてしまう。そんなマユを救出した走太郎は、彼女の心を取り戻すべく、二人が出会ったコンサートを再現する……。　そして、最強の電脳騎士・ダークが出現。アルゴと走太郎は最後の戦いに赴く！　怒濤のクライマックスを迎える完結巻！