日本の土着神である国津神（くにつかみ）と日本の支配を企む異邦神・天津神（あまつかみ）、神々の果てしなき闘争の中で、神殺しの力を持つスサノオの牙から選ばれた元裏高野退魔師・孔雀（くじゃく）が活躍する姿を描いた「孔雀王　退魔聖伝」の続編。少彦名（すくなひこな）とともに、残された五個のスサノオの牙を探す旅を続ける孔雀。しかし、彼らは謎の神・曲神（まがりがみ）に襲われて……!?

高校のプールに現れた曲神（まがりがみ）・底筒之男（そこつつのお）と戦っていた孔雀（くじゃく）は、スサノオの牙に導かれて新たな術を身に付ける。しかし、それを聞いた少彦名（すくなひこな）は、二度と牙とは話すなと注意する。一方、天津神の親玉・月読（つきよみ）により曲神にされてしまった国津神の少女が、孔雀の持つスサノオの牙を狙って……!?

神に仕える五眷属（けんぞく）の呪術で結界に閉じこめられた孔雀（くじゃく）は、スサノオの牙を狙う彼らと死闘を繰り広げていく。一方、孔雀と引き離された下照姫（したてるひめ）と少彦名（すくなひこな）は、眷属の飼い犬・犬人に襲われて、案山子の久延毘古（くえひこ）に助けられる。しかし、逃げ延びた犬人・地伏（じぶせ）が、天津神の月読（つきよみ）により曲神にされて……!?

四眷属との闘いで五感を失った孔雀に襲いかかる、スサノオの牙を喰って驚異的なパワーを身に付けた曲神。天津神の月読（つきよみ）の裏切りを知った大咬（おおかみ）は、満月の魔力を使って曲神と対決するが、破壊神スサノオが復活したかのような曲神の強さに圧倒されてしまう。そして、大咬に眷属の呪いを解かれて五感が戻った孔雀は、スサノオの化身となった曲神へ挑んでいくが……!?

孔雀（くじゃく）の双子の姉・朋子（ともこ）と黄海峰（こう・かいほう）の間に生まれた少年・明星（めいせい）を、神の御子にしようと現れた創造神・イザナギ。我が子を守ろうと闘う海峰は、イザナギより放たれた和邇神（わにがみ）に勝利するが、朋子とともに呪いをかけられてしまう。そんな両親を助けようとする明星は、イザナギの元へ行くことに……!?

天津神・月読（つきよみ）と国津神・建御名方（たけみなかた）の闘いを見ていたイザナギと黄明星（こう・めいせい）。そこで、明星の声で優勢に転じた建御名方だったが、月読により死人として甦った仲間達に喰われてしまう。そして、建御名方の死体からスサノオの牙を取り出した明星は、死んでいった建御名方をはじめとした国津神達を牙の力で復活させて……!?

恵比須（えびす）の館で、孔雀（くじゃく）の恋人・阿修羅（あしゅら）と出会った黄明星（こう・めいせい）。そこで、男女の交わりを知るために裸になるように命じられた阿修羅と明星だったが……!?　一方、明星を探す孔雀と海峰（かいほう）と六角（ろっかく）は、骨のない魚しか獲れない漁師町にたどりつく。その夜、舟に乗っている明星を見た海峰は、海へ飛び込んでいくが大量のクラゲに囲まれて……!?

恵比須（えびす）が造りだした黄明星（こう・めいせい）のコピーに翻弄されて、死闘を繰り広げる海峰（かいほう）と六角（ろっかく）。そこで、ようやく真実を知った海峰は、今度はコピーされた自分自身と闘うことに。しかし、スサノオの牙を持つコピーの強さに圧倒される海峰は、六角に助けられて大黒袋の中に避難するのだが……!?

出雲で大山津見（おおやまつみ）と出会った孔雀（くじゃく）は、神々の秘密とスサノオの牙の謎について聞こうとする。しかし、大山津見は孔雀には死んでもらうしかないと言って、地脈の穴に孔雀を突き落とそうとするが……!?　一方、黄海峰（こう・かいほう）と王仁丸（おにまる）は、大山津見が生んだ双子神・国之矢倉神（くにのやぐらかみ）と天之矢倉神（あまのやぐらかみ）に襲われて……!?

八岐大蛇に取り憑かれた天之矢倉神（あまのやぐらかみ）が言い残した謎の言葉から、八の神に関する忌まわしき殺神事件を、孔雀（くじゃく）達に語り出す大山津見（おおやまつみ）。それは、八千矛（やちほこ）という神と交わった女神達が殺されたり、もしくは子供の神を生んで老いていく事件で、当時は優しい神であった月読（つきよみ）が探偵となって……!?