「その命をどう生かし、どう殺すのか自分の答えを探すんだな」黒雲に閉ざされ、デストロンに支配された四国。そのなかで孤立している人々を救うために戦う仮面ライダーたち。しかし黒雲の影響によって本来の力を出せない村雨(むらさめ＝ＺＸ)に、その心の揺らぎを感じた風見志郎(かざみしろう＝Ｖ３)は痛烈なる言葉を投げかける――！　四国消滅!!　その行方は……!?　そして出雲にて暗黒の鉄の巨人復活!!

四国を支配するデストロンの配下・ツバサ一族に対抗するため、危険な特訓に身を投じる村雨(＝ＺＸ)。しかし、死と隣り合わせの激しい特訓によってボロボロとなった村雨に、ツバサ一族が襲いかかる！　はたして新必殺技を会得しきれていない村雨に勝機はあるか!?　そして、海を渡る鉄の巨人、出雲に現れた神殿、採掘されるサタンニウム……人類絶望へのシナリオが加速する!!

Ｖ３、その命を賭した最後の一撃が炸裂！　そして戦場はＪＵＤＯ(ジュドー)の待つ虚空の牢獄へ――!!　ＢＡＤＡＮ(バダン)大首領・ＪＵＤＯが封印されている虚空の牢獄、それを破壊するべくサタンニウムで造られたアマテラス。ＪＵＤＯ復活の時が迫るなか、ＺＸ(ゼクロス)たちの前にはデストロンの三幹部が立ちはだかる！　ＪＵＤＯの復活を阻止し、四国奪還なるか!?

ZX(ゼクロス)vs.大首領JUDO(ジュドー)、Ｘライダーvs.キングダーク、ついに決着か――!?　ツクヨミによって誘(いざな)われし虚無の牢獄で“進化”するZX。それはJUDOが望む“器としてのZX”の完成のはずだったが……!?　一方、島根に上陸した鉄の巨人・キングダークは、捕らわれの身となっていた滝(たき)の頭脳を利用し、神をも超える最恐の力を手に入れてしまう！

盟友との再会、哀しき別れ――。日本中に展開されたBADAN(バダン)の拠点も、ライダーたちの活躍によって4つの組織を鎮圧。残るは6地区となった。そのひとつ、東海地区で「ブラックサタン」と交戦していたストロンガーの前に現れたのはジェネラル・シャドウと……!?　一方、九州地区で「ゲドン」と交戦していたアマゾンは、ガガの腕輪を奪った十面鬼(じゅうめんき)を追って時空魔方陣に飛び込む！　その先に待つものは――!?

ブラックサタンの圧倒的な攻撃力の前に為す術も無く撤退を開始するSPIRITS(スピリッツ)第７分隊。この絶対不利な状況で、城茂(じょうしげる)大復活！　亡き親友(とも)たちへの想いを胸に、ストロンガーの逆襲が始まる――!!　一方、ガランダーの包囲を突破し、SPIRITS第6、第10分隊とともに沖縄で待機していた村雨(ムラサメ＝ＺＸ)とアマゾンだったが、そこにもガランダーのさらなる襲撃が……!!