城北大学生物学研究室一番の秀才である本郷猛。彼の優秀な頭脳と類稀なる身体能力に目を付けたのは、世界征服を企む悪の秘密結社・ショッカー！　さらわれた猛は驚異的なバッタの能力を持つ改造人間へと改造手術を施される。が、脳改造の寸前、恩師・緑川博士に助けられ、敵のアジトを危機一髪で脱出。この時から、本郷猛は大自然がつかわした正義の戦士となった……!!　変身ヒーローの代名詞・仮面ライダー、ここに登場！

本郷猛を「裏切り者」と呼び、悪の秘密結社・ショッカーの怪人たちが襲い来る。くも男、こうもり男、コブラ男……。それを大自然がつかわした正義の戦士「仮面ライダー」が、次々と迎え撃つ！　業を煮やしたショッカーは、遂に12人の「仮面ライダー」を刺客として放った。窮地に追い込まれる猛の元に、一文字隼人という謎の男が。新聞社の社会部記者で、緑川博士の失踪事件を追っているというが…？　本郷猛、ついに死す──!?

本郷猛の心を継いで、悪の秘密結社・ショッカーと戦う一文字隼人。故郷・水底村での戦いや、白血病に苦しむ少年・浩二との出会い、またその姉・順子への恋心に揺れる隼人。一方、ショッカーの世界征服計画は着々と進んでいた！　日本で進行中の「10月計画」と呼ばれる巨大秘密計画。その捜査中だというFBI捜査官・滝二郎と共に、隼人は「日の下電子」に乗り込む。が、計画の裏には想像を絶する黒幕が!?　戦うべき敵とは!?