世界中にはびこる「悪」。戦争、殺人、人種差別、汚職……。それは大人たちが作り出したもの。だから、悪と戦えるのは少年たちしかいない。世界に平和を取り戻すために選ばれた少年戦士たち、それが「少年同盟」の同志だ！　――――日本代表として選ばれ、テストに合格した同志カゼタ。相棒の同志イライザと共に訓練に余念のない生活を送る。ある日、孤島での訓練の最中、謎の一団が現われ……!?　「朝日小学生新聞」版、開幕！

幼馴染み・ミヨ子に、少年同盟の存在を知られてしまった同志カゼタ。ミヨ子も少年同盟への加入を望み、厳しい訓練に挑む決意をする。────ある日の帰路、二人は見知らぬ男の襲撃を受ける。足元には倒れた同志イライザの姿が……。いつも「正義」が「悪」に勝つとは限らない。「悪」との戦いには命がけの覚悟がいる、と語るイライザ。そして、絶海の孤島の訓練コースに、再び謎の男が現れる。その正体と狙いは!?

「捕らえた悪人をどうするのか？」　同志イライザへの問いに対する驚愕の答えとは……？　日常と「正義の戦い」とを渡り歩き続ける同志カゼタたち。そんな折、世界中の著名な科学者たちの誘拐が相次いだ。ロケット、潜水艦、秘密基地。強大な戦力と組織力を持つ悪の組織に、「少年同盟」は対抗できるのか？　さらわれた科学者と真相を追い求めるカゼタたちがたどりついたのは……!?　「朝日小学生新聞」版「少年同盟」、完結巻！