地球とシリウス第五惑星との恒星間航行を行なっていた宇宙船「フジ一号」内で、柴田リュウが長い冷凍睡眠から目覚めた。リュウは16歳の少年。フジ一号に密航していたのを発見され、冷凍睡眠で航行していたようだ。だが、船内にはリュウしかいなかった。そして残された記録により、乗務員は宇宙病により全滅していたことを知る。果たして、現在、リュウがいるのは未来の地球なのだろうか？　それとも……!?

リュウが辿り着いたのは、人類滅亡後の変貌した地球だった。絶望感に苛まれながらも、地上に降り立つ。そして、猿人や巨大ネズミを倒しながら辿り着いた巨大な壊れた宇宙船。その中で、マリアとジムという人間の姉弟と出会う。だが、猿人の襲撃を受け、三人とも囚われの身に。しかし反撃に成功し、リュウは猿人たちのリーダーになる。そして新天地を求め、全員で移動を開始。幾多の危機を乗り越え、リュウが出会ったのは……!?

リュウが辿り着いた村で出会った老人・ゴット。彼はロケット操縦時の爆発事故で体を改造して生き延びたサイボーグだった。リュウ一行にゴットも加わり、砂漠を越えて行くことに。そして、高層ビルが乱立する都市を発見。だが、どれだけ探しても人間の姿は見当たらなかった。その内、ロボットの襲撃をうけ、命からがら逃げ出すリュウたち。どうやら、この都市はロボットに支配されているらしい。一計を案じるリュウだったが……!?

ロボット都市を支配していた電子頭脳がリュウたちに見せた幾多の幻覚。その能力に危険を感じたゴットは、電子頭脳の破壊を決意。そして、制御を失った都市は崩壊した。都市を入手するつもりだったリュウは、ゴットに対し反感を露わにする。しかし、ゴットの拳と真情に触れ、関係はより強固なものに。そして、電気の光を発見。中世の城壁のような壁を張り巡らした町の中からの光だった。町に向かうリュウたちだったが……!?

電気の光を放つ町に向かったリュウたち。だが、それを妨害する者たちが現われた。コンドルという額に第三の目を持つミュータントが率いる一団だ。しかし、町から現れたミュータント狩りの兵士に襲われ、リュウの仲間は連れ去られてしまう。仲間を救い出す為、コンドルと共闘を組むリュウ。町へ潜入し、仲間たちの奪還に成功。そして、町の解放戦を開始する。だが、現人神として崇拝されていた巨神像が動き出してしまい……!?

長い旅路の果てに辿り着いた、電気の光を持つ町の「神」となったリュウ。町に住む「旧人類」と森に住む「新人類」をまとめつつ、平和な日々を送っていた。しかし、ある日突然、静寂は破られた。町に悲鳴がこだまして、何人もの命が奪われた。しかも、目撃者は一人もいなかった。目に見えない侵略者の存在を感知する為、ミュータント部隊を編制するが、被害は止まらない。そして、敵の魔手はリュウにも伸び始め……!?

寄生虫に操られた敵軍を退けたリュウは、新しい能力に目覚めた。自分の精神をコントロールすることによって、驚異の再生（白髪を黒髪に戻すことなど）を行なえるようになっていた。それから暫くの後、リュウはマリアと海岸でバカンスを楽しんでいた。しかし、突然現れた戦闘機が海岸に不時着した為、リュウは乗務員を助け出す。彼等は、ニッポンという軍国島からやって来たという。そして、強大な敵と戦闘中だというのだが……!?

ニッポンという軍国島をバリアで囲み、自滅を待つ恐ろしい敵国に乗り込んだリュウとコンドル。彼等の前に現われたのは、巨大な無毛の頭部を持つ「新人間」だった。「人間」から「新人間」への進化の過程にあるのがリュウではないかと考える敵によって囚われてしまう。解剖の危機が迫るが、細菌によって敵は全滅。そしてリュウは、未来を支配するものとは何かを考える……。帰路に着いたリュウたちだったが、何者かに呼ばれ……!?